Los motores de bases de datos como mysql, están capacitados para soportar millones de registros en una tabla.
Yo también trabajo con datos metereologicos y así es como tengo diseñada mi base de datos. Para mi caso, por cada día se toman 48 muestras (cada media hora) y no he tenido problema alguno.
Así que no te preocupes por el numero de registros.
saludos