a ver con esto que tal
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
<script type="text/javascript" language="javascript">
function ordena(a, b){
return b -a;
}
function devuelveMayor(numConsultas){
var elemRes = document.getElementById('respuesta');
var elemVolver = document.getElementById('repetir');
var arrNums = new Array();
var num;
if(elemVolver.style.display=='block'){
elemVolver.style.display='none';
}
for(var i=0; i<numConsultas; i++){
num = prompt((i+1)+') Introduce un número.');
if(!isNaN(parseInt(num))){
arrNums[i]= parseInt(num);
}else{
alert('El valor introducido tiene que ser un número');
i-=1;
continue;
}
}
elemRes.innerHTML = arrNums.sort(ordena)[0];
elemVolver.style.display='block';
}
</script>
</head>
<body onload="devuelveMayor(2);">
<h1 id="respuesta"></h1>
<div id="repetir" style="display:none">
<h2>¿Quiere volver a repetir el proceso?</h2>
<button type="submit" onclick="devuelveMayor(2);return false">Repetir</button>
</div>
</body>
</html>
Lo podrías mejorar de todas formas creando manejadores de eventos para no tener que llamar a las funciones desde el html y dando formato a los números.