El problema es que estas leyendo los archivos (scripts de php) y deberias leer el HTML generado por PHP, tal vez usando la libreria cURL o sockets.
En
http://www.tuxradar.com/practicalphp/15/1/1 encontraras un ejemplo de como usar sockets y en
http://www.tuxradar.com/practicalphp/15/1/2 (que es la continuacion) un ejemplo de un buscador sencillo, espero te sirva.