Crea un formulario apuntando a tu página php:
Código:
<script>
var cajas=2;
function agregar_caja(){
document.getElementById("cajas").innerHTML+="Caja "+new Number(cajas+1)+": <input type=text name='caja"+new String(cajas+1)+"'><br>"
cajas=cajas+1
}</script>
<form action="tu pagina.php" method=post>
<div id="cajas">Caja 1: <input type=text name=caja1><br>Caja 2: <input type=text name=caja2><br></div>
<input type=button onclick="agregar_caja()" value="Agregar caja"><br>
<input type=submit value="Enviar"></form> Y en la página php, cuentas las cajas enviadas y las insertas en la base de datos.