Agrega un hidden al formulaio con el numero de cajas y en la pagina php lo recoges y haces un for hasta ese numero:
Código:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
</head>
<body>
<script>
var cajas=2;
function agregar_caja(){
var valores=new Array();
var contenido=""
for(i=1;i<=cajas;i++){//Obtenemos el valor de las cajas
valores[i]=eval("document.form.caja"+i.toString()+".value");
}
cajas=cajas+1
for(i in valores){
contenido+="Caja "+i.toString()+": <input type=text name='caja"+i.toString()+"' value='"+valores[i]+"'><br>"
}
contenido+="Caja "+cajas.toString()+": <input type=text name='caja"+cajas.toString()+"'><br><input type=hidden name=cuantas_cajas value="+cajas.toString()+">";
document.getElementById("cajas").innerHTML=contenido;
}
</script>
<form action="http://algo.php" method="get" name="form">
<div id="cajas">Caja 1: <input type=text name=caja1><br>Caja 2: <input type=text name=caja2><br></div>
<input type=hidden name=cuantas_cajas value=2>
<input type=button onclick="agregar_caja()" value="Agregar caja"><br>
<input type=submit value=Enviar></form>
</body>
</html>