Si lo que estás trantando es una
tabla, simplemente implentala como tal. Por ejemplo, si la estructura de esa tabla tiene 100 columnas x 500 filas, crea una tabla con 100 campos y 500 registros. Yo creo que así es la mejor manera de implementarla sin perder la integridad.
Respecto a lo que dices de "
crear miles de registros con poca informacion" no tiene ningún inconveniente, ya que "poco" o "nada" también es información, es decir, que si un campo no contiene datos, su información es ésa: "el campo x no contiene información", lo que es esencial para mantener la integridad.
Y no debes preocuparte por el tamaño de la BD. Cito textualmente el manual de referencia de MySQL:
Cita: Soporte a grandes bases de datos. Usamos MySQL Server con bases de datos que contienen 50 millones de registros. También conocemos a usuarios que usan MySQL Server con 60.000 tablas y cerca de 5.000.000.000.000 de registros.