ok, esta facil, haces tu consulta en mysql
Código PHP:
$consulta=mysql_query("SELECT * FROM tabla",$con);
while ($fila=mysql_fetch_array($consulta))
$pdf->Cell(0,10,$f['2']." ".$f['3'],0,1);//de esta manera sacas los datos de mysql a pdf
$pdf->Output();
te recomiendo que veas los tutos del fpdf
http://www.fpdf.org/es/tutorial/index.php