Ayuda con consulta JOIN

[gnzsoloyo]

Suponiendo la existencia de dos tablas comuna y ciudad, la cosa andaría por aquí:

Código MySQL:

SELECT
  ef.numero_factura,
  ef.fecha_factura,
  (CONCAT(c.rut_cliente,"-",c.dv_cliente) rut_dv_cliente,
  c.giro_cliente,
  c.direccion_cliente,
  c.nombre_comuna,
  c.nombre_ciudad,
  cf.linea_factura,
  cf.id_contrato_cliente,
  cf.cantidad,
  cf.descuento,
  cf.precio_unitario,
  pf.valor_neto,
  pf.valor_iva,
  pf.valor_bruto,
  pf.total_descuento
FROM encabezado_factura ef
  INNER JOIN cuerpo_factura cf USING (numero_factura)
  INNER JOIN pie_factura pf USING (numero_factura)
  INNER JOIN cliente c USING(rut_cliente)
  LEFT JOIN comuna co ON co.id_comuna = c.id_comuna
  LEFT JOIN ciudad ci ON ci.id_ciudad = c.id_ciudad;
 

Estoy suprimiendo las subconsultas en el SELECT porque esos datos deben obtenerse del FROM, de lo contrario la consulta será MUY ineficiente.
Esto puede requerir algun ajuste, conforme sean los datos y las tablas que tu tengas.