Pruba a poner comillas en el texto del confirm
Código PHP:
echo "<a href='elimina_historia_refractiva.php?idHistoriaRefractiva=$row[idHistoriaRefractiva]'
onclick='return confirm(Está realmente seguro de eliminar este registro
\n P.D.: si lo elimina no lo podra recuperar de la base de datos.);'>
<img src='../Imagenes/b_drop.png' border='0' align='right' /></a>";
Y un consejo. Utiliza Firebug con Firefox. Si hay un error en el código javascript te informa de cuál es y en qué linea se encuentra. Ahorra mucho tiempo intentando detectar dónde falla el código.