Es tarea sencilla, instala tu Win 2000 como tu quieras, en las particiones que le indiques (no partiton magic ni nada fdisk
) y luego dile donde tiene que instalarse, en cuanto a linux yo no dejaria que el instalador te lo hiciera solo, lo haria a mano, una para swap otra para / otra para /home y si administras servidores ... pos para los logs de servidores por si se te va todo al carajo k no se te vallan los datos.
En cuanto a lo de compatir archivos, desde Linux puedes acceder a los de windows mediate mount /mnt/hdxx /dir/tuparticion y listo jeje normalmente el soporte esta avilitado.