Es muy posible que estés haciendo un mal uso de las password en MySQL.
MySQL tiene su propio sistema de encriptación, que no es un MD5 ni nada parecido, por lo que bien puede suceder que en realidad estés ingresando incorrectamente el login. Además el sistema de login de MySQL es sensible, como debes saber, a MAYUSCULAS/minúsculas, por lo que debes tener cuidado al loguear.
Cita: el tema es que cuando genero la password,
No es buena costumbre
generar manualmente las password , al menos en el sentido que pareces decir, por cuanto MySQL ya cuenta con métodos para ello, que no usan UPDATE. Para eso está la cláusula IDENTIFIED BY en la creación de los usuarios.
Explica un poco mejor, y si es posible posteando los mensajes de error que MySQL devuelve cuando fracasan los login. Será posible entonces darte una idea, pero desde ya te anticipo algo: SI la creación del usuario es correcta,
y le has dado los permisos correspondientes, el fracaso del login no es una falla de MySQL, sino del usuario, que está ingresando mal los datos.