Solucionado
Código PHP:
mysql_query("UPDATE criterio_calibres SET valor_porcentual = $resultadoPrimero WHERE CONVERT(`criterio_calibres`.`id_especie` USING utf8) = '$especie' AND CONVERT(`criterio_calibres`.`id_productor` USING utf8) = '$productor' AND CONVERT(`criterio_calibres`.`id_variedad` USING utf8) = '$variedad' AND `criterio_calibres`.`etapa` = $etapa AND `criterio_calibres`.`id_calibre` = $id_calibre ", $dbCon)or die(mysql_error());
Debí cambiar el filtro del update.