Hola,
Si tu problema es el ingles, ya sabes que la propia
www.php.net lo tienen tambien en castellano.
Y para lo que quieres, si ya te han dado el codigo para recorrer todas las entradas (ficheros y directorios) de un directorio, solo tienes que ir comprobando con is_dir() si es un directorio (cuidado con . y .. ). Si es directorio creas el link y si no, sigues con la siguiente entrada.
Y para cambiar de la cadena 00001 a 1 quizas te vale con pasarlo a entero con settype() o haciendo un cast de la forma $v=(int)"0001"; no estoy seguro.
Espero haber sido de ayuda.