Bueno yo no soy Mikmorro ni tampoco soy un Master del CSS pero te contesto algunas cosas (si te interesa claro):
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Iniciado por Caminantejm 
1.- Por ejemplo: ¿Unidades en píxeles para width y height o en porcentaje? Si uso porcentaje, ¿qué precauciones debo llevar siempre? Si uso px o em, ¿cuáles?. LO digo porque he editado con porcentaje y se me destartala mucho todo. ¿Es tan util trabajar las dimensiones de las cajas con porcentaje?
Depende, quieres un layout liquido o estático?? Por lo general manejar un layout estático es la forma más fácil (en especial si apenas estás comenzando con esto) Sobre los em están mas orientados a los textos, ya que mejoran la accesibilidad de un sitio.
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Iniciado por Caminantejm 4.- A la hora de meter contenido, ¿mejor div's o span's aunque sean de varias líneas?
los DIV´s son para elementos de bloque y los span para los elementos en linea, siempre deberás seguir esas reglas. Tampoco puede meter elementos de bloque dentro de elementos en linea (por ejemplo un <div> dentro de un <a>).
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Iniciado por Caminantejm 6.- A veces, marco un border para saber cuál es el contenedor principal y veo que tengo más de la mitad de contenidos fuera del contenedor principal. Esto me desanima y me hace tirar por tierra todo el trabajo.
Mira sobre las propiedades overflow, esta propiedad es la responsable de que el bloque crezca conforme el contenido.
Saludos
