Creo que la parte del where debes incluirla dentro de la subconsulta para obtener el resultado que quieres. Prueba y dinos.
Código SQL:
Ver originalSELECT id_proceso, id_pregunta, respuesta, cantidad FROM
(SELECT id_proceso, id_pregunta, respuesta, COUNT(*) cantidad FROM tb_respuesta WHERE id_proceso = 2 AND id_pregunta = 1 GROUP BY id_pregunta) T1
ORDER BY cantidad DESC LIMIT 1