Un array es un conjunto de datos a los que se accede mediante un índice. Un array asociativo es un array al que se le puede variar los índices. Los índices pueden ser numéricos o texto (no sé si funciona con otro tipo de datos). En PHP todos los arrays son asociativos (aunque no siempre sea necesario aprovechar esa característica). Busca información sobre los arrays en PHP. ¡Suerte!
PD: también te convendría investigar sobre los sistemas de numeración si es lo que te interesa.
PD2: para reemplazar caracteres dispones de varias funciones en PHP; por ejemplo
str_replace,
strtr o funciones para el manejo de
expresiones regulares.
PD3: si el texto está encriptado, sencillamente será muy difícil traducirlo. Piensa que podría haberse encriptado mediante un montón de métodos distintos y no todos son tan automáticos como reemplazar todos los caracteres por otros (por ejemplo, el algoritmo de Huffman sirve para comprimir, pero también para encriptar).