Hola, gracias por contestar.
Es posible que el problema sea otro, porque dentro de un subdirectorio funciona bien, pero no en el raíz.
Sin añadir nada en un fichero .htacess esto funciona perfectamente
<a>http://www.misitio.com/prueba/?seccion=noticias</a>
y esto no
<a>http://www.misitio.com/?seccion=noticias</a>