PHP dispone de funciones para gestionar directorios/archivos .. una de ellas la que comentas:
mkdir()
http://www.php.net/manual/en/function.mkdir.php
Tanto en Linux como Windows es la misma .. en ambas puedes seleccionar el permiso del directorio q vas a crear .. Pero si pones el permiso en Octal 0777 .. etc .. Lo q es Windows se lo pasa por el arco del triunfo xDD .. Linux perfecto. El directorio "folder" en ambos caso se crea.
Como veras .. la sintax es similar a la de Linux o la de DOS .. pero usando dicha función nativa de PHP te aseguras compatiblidad entre S.O q corra PHP.
Igualmente podrias hacer un "mkdir" mas drastico usando funciones directas del S.O. via exec() .. pero no es la idea . .pues deberias hacer versiones exclusivas para PHP bajo windows y PHP bajo Linux u otros S.O.
Un saludo,