Pues seguramente sea por que el tamaño de cluster en FAT es diferente al tamaño de bloque en EXT3... como ya mencionó Defero el tamaño de bloque en EXT3 va de 1 a 4 KiB, mientras en FAT32 va entre 4 y 32 KiB (y la herramienta de formato elige 32KiB para particiones mayores a 64GB según esto:
http://www.pcguide.com/ref/hdd/file/partFAT32-c.html)
La base es simple: un archivo siempre ocupará como mínimo el tamaño de un bloque (cluster en FAT32), y sea cual sea su tamaño real ocupará en el disco un espacio múltiplo del tamaño de bloque. (En ext3 con bloque = 4KiB, y el archivo de 30KiB, el espacio ocupado es 8 bloques, 32KiB)