Cita:
Iniciado por gnzsoloyo 
Lo que te están diciendo es que tendrás que manejar los dos tipos de tablas al mismo tiempo
Pues me confundiste un poco mas ya que no te entiendo la parte que pones que tendre que manejar los dos tipos de tablas, ya que esto no se puede supongo que estas intentado decirme otra cosa.
Cita:
Iniciado por gnzsoloyo la restricción de FK en las tablas MyISAM la tendrás que mantener a través de la aplicación, para evitar problemas de consistencia, ya que no será posible en la definición de tablas.
Tambien al decir que las tablas MyISan para mantener su consistencia debo hacerla atraves de la aplicacion, te estas refiriendo como aplicacion a, por ejemplo el codigo php que se encarga de agregar, eliminar y actualizar los datos?
Cita:
Iniciado por gnzsoloyo En el caso de MySQL, las bases no son MyISAM o InnoDB. No existe esa definición para las bases. Sólo se define el CHARSET.
En cuanto a lo de las bases de datos no tienen tipo lo entiendo perfectamente fue error de typeo pero segun tengo entendido se puede cambiar el tipo de tabla mediante sql, asi se podria podria tener las misma tabla en los dos tipos MyISan y InnoDB, aunque no veo muy factible esta ultima opcion solo la mencione por que lo sugirieron en el foro de mysql que se encuentra en el enlace que puso SergioRelativo.