Proteger web

[Aus]

Bueno, si efectivamente ha sido un virus, la respuesta es evidente, hay que proteger el sistema con antivirus.
En lo que se refiere a que antivirus es el mejor, pues se ha hablado mucho del tema. Unos tienen mejores patrones, otros mejores motores, otros tienen un motor de heuristica mas avanzado, otros tienen mas opciones para escanear sistemas de correos, en fin, que depende de que busques, pues tienes amplia variedad donde elegir.
La explicacion del ftp, la pagina web etc etc, no me ha quedado clara. Necesitaria que extendieras un poco mas la explicacion para ver la relacion entre la maquina infectada, el servidor de ftp, y el servidor web.
Si ya has detectado el virus que te esta dando guerra, es posible que haya información que te ayude a limpiarlo y que por tanto te indique el punto de entrada del mismo para que puedas securizarlo.
Suerte.