Se pueden programar eventos en la base, pero para ello hay que usar la versión 5.1.x de MySQL, que es la que lo soporta:
12.1.11. CREATE EVENT Syntax
En ese caso pueden programarse actualizaciones, inserciones, ejecuciones de funciones o SP, etc.
SI no lo puedes hacer por problemas de versión, como te decía, lo tendrás que programar o desde la aplicación (un script que funcione sincronizado con algún timer, eso dependerá del lenguaje), o bien un batch que en el caso de Windows puedes incluir en Tareas programadas, la aplicación de sistema que tiene Windows.