para cancelar esa instruccion programada tienes que guardar el identificador que devuelve la funcion setTimeout para poder cancelarla con clearTimeout. asumiendo que queras detener la redireccion cuando se despliega el DIV, tienes que cancelar la redireccion en la funcion que muestra el DIV.
Código:
<script language="javascript">
function mostrardiv() {
clearTimeout(idfier);
div = document.getElementById('flotante');
div.style.display = '';
}
function cerrar() {
div = document.getElementById('flotante');
div.style.display='none';
}
</script>
<script language="javascript">
var segundos=15
var direccion='#'
milisegundos=segundos*1000
idfier = window.setTimeout("window.location.replace(direccion);",milisegundos);
</script>