No quiero meterme ya que veo que no prestaste atención o no viste lo que respondi arriba pero...
Con solo el CD del 2000 podes hacer todo lo que estas poniendo y siento que te estas complicando.
CUANDO INSERTAS EL DISCO Y HAGA EL CHEQUEO TE VA A DECIR EN UN PUNTO QUE YA ESTA INSTALADO EL 200. Es ahi donde te va a preguntar si vas a REINSTALAR O HACER UNA INSTALACION NUEVA.
Elegi una nueva instalación. En ese punto te va a mostrar las particiones que tiene tu HD, eliminas todas y luego las voves a crear. Luego de eso, le decis donde va a instalar y al NO estar formateada la unidad, te va a decir en que formato lo queres dejar (NTFS, FAT32).
Ahora, con esto último que estas poniendo de un posible virus, te aconsejo que entres al SETUP del BIOS y ahi busques una opción que dice CHECK VIRUS o algo que diga VIRUS y pones esa opción en DISABLE. Si esta ENABLE, te va a detectar cualquier intento de instalación como un virus y puede quedar mal instalado.
Con respecto a un disco de boot, podes también bajarlo de
BOOTDISK.COM
Saludos.