Bueno dejo la solución que se me ha ocurrido, por si a alguien le puede ayudar
Código PHP:
Ver original//$cad = stripslashes($_GET["t"]);
//$cad = strip_tags($cad);
$cad = "marcar-palabras";
$strOriginal = "Esto es un ejemplo para desMARCAR las palabras? que quiero marcar, acorde a las 'palabras' que ....";
for ($i=0; $i<sizeof($array_cadena); $i++){
array_push($patron, "/\b($array_cadena[$i])+\b|\b([des|il|in|im|ir|un|non]+)\B($array_cadena[$i]+\b)|\b($array_cadena[$i]+)\B([ed|er|ing|s|es|ful|less|dom|ship|ness|hood|ty|ance|ment|ly|ally|fuly|est|]+\b)/i"); array_push($reemplazo, "<subC$i>$1$2$3$4$5</subC$i>"); }
Gracias por vuestro interes y tiempo