necesitas de un bucle para ir por cada referencia de los campos. en tu caso, dado que los campos comparten los mismo nombres, puedes utilizarlos como array. por ejemplo,
Código:
<form onkeyup="
for(var i = 0; this['TXTzona[]'][i]; i++)
this['TXTtotal[]'][i].value = Number(this['TXTzona[]'][i].value) + Number(this['TXTexamen[]'][i].value);
">
...
</form>
en este ejemplo, los campos se suman cuando se ingresa un valor en cualquiera de los campos. mi recomendacion, si tienes campos adicionales ademas de los que muestras en el codigo, encierra los campos que deben carcularse en un elemento contenedor y agregas en este el evento. en el ejemplo, la suma se realiza sin importar el tipo de campo que se escribe.