El error que cometes es que el PHP se ejecuta en el servidor y Javascript en el cliente. El PHP puede "pintar" en el código de la página lo que quieras, y así hacer tu función Javascript. O sea, un ejemplo:
Código PHP:
//Funciones.php
<?
funcion_java(){
echo "alert('Hola');";
}
?>
Código PHP:
//tupagina.php
<script language=javascript>
function nuevo_codigo(){
<?
include ("Funciones.php");
funcion_java();
?>
}
</script>
Espero haberme explicado. Tienes que "pintar" mediante
echo o
print el código de la función Javascript.