para el esquema de persistencia la mas sencilla y por lo general la mas utilizada es la de bean y dao.
Fijate este ejemplo
http://www.java2s.com/Code/Java/Hibe...cDaoCreate.htm
Igualmente que no estamos aplicando un patron especifico, quizas un conjunto de ellos.
El flujo correcto no se a que te referis con eso.
Los patrones tenes que aplicarlos a medida que surge una complicacion en tu modelo.
Eso lo dicen en todos los tutoriales de patrones de diseño y libros. Pero primero antes de aplicar estos deberias entender lo basico de POO, si no tenes claro esto como que los patrones no tienen mucha gracia y posiblemente algunos no los entiendas para que tanta complicacion. Si sos nuevo es mas importante entender como trabajar con objetos en java, que es generics? para que uso una interface? como hago mis objetos polimorficos? como realizo la inyeccion de dependencia? cuando uso la herencia? y mejor tener claro los anti-patrones en principio que los patrones. Saber asignar responsabilidades es una de las tareas que siempre te van a traer interrogantes, aparte de identificar a tus objetos de manera adecuada. otra cosa para guardar la configuracion de un programa podes usar un .properties es mucho mas facil de levantar que un archivo.