Cita:
Iniciado por fumondj 
entonces deberia cambiar la redireccion de con www a sin www?
Nooo!!!! tener una redirección y luego invertirla podría resultar desastroso. Deja todo como está, y los enlaces nuevos que vayas consiguiendo hazlos preferentemente con www.
Cita:
Iniciado por fumondj Y eso es malo o como?
No es dramático. Técnicamente tusitio.com/ y tusitio.com/index.php es duplicidad (dos formas de acceder al mismo contenido), pero esto google lo maneja sin ningún problema. Si quieres resolverlo hay técnicas de htaccess, pero no es algo por lo que debas preocuparte demasiado.