A ver si he entendido bien:
Si lo que quieres es que te busque aquellos que han trabajado 6 días en la misma semana del mismo año en un rango de fechas de dos semanas, creo que esto será mejor. Además no debería repetir nada.
Código SQL:
Ver originalSELECT codempleado, YEARWEEK(fecha) numseman, COUNT(*)TOTALdias
FROM marcacion WHERE fecha BETWEEN '2010-01-11' AND DATE_ADD('2010-01-11',INTERVAL 2 WEEK)
GROUP BY codempleado, numseman HAVING TOTALdias = 6
Observa que ahora uso yearweek, que me ofrece el año y la semana del año.