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Iniciado por Emirodgar 
El paso lógico sería eliminarlas del índice de Google o bloquearlas con el robots.txt pero dado que son muchas tendrás que utilizar, como te dijo HiAll el archivo .htaccess para redireccionarlas a la home o a un error 404.
La diferencia sería que mediante el error 404 Google las terminará desindexando y si redireccionas a la home tardará infinitamente más (si lo hace).
Pero repito que las urls esas son urls que no existen, pero que cuando accedes a ellas te manda a la index..
Esto hace que tenga muchas urls duplicadas no??