LISTO !!!!!!!!!
He encontrado la solucion, con una sencilla condicion en el .htaccess, el cual quedo de la siguiente forma:
Código HTML:
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -F
RewriteRule ^(.*)\.(html|htm|php)$ index2.php?module=$1.$2 [QSA]
El
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -F lo que hece es que primero verifica si el archivo existe y es accesible vía URL solo asi, se aplicaria la regla de reescritura de la URL.
Respecto a lo que dices
pateketrueke si tienes razon en lo que dices (en cierta forma) pero lo del cliente no es solo un antojo sin sentido, solo que este aplicativo (que mas que un aplicativo es una especie de extencion para sitios web ya hechos) se va a aplicar a varios sitios cada uno con un 404 personalizado diferente, además tienes toda la razon en eso de que apache no puede enviar un error que compete a PHP, al parecer no me hice entender bien, no queria lanzar el error 404 con php (lo estaba haciendo, pero como tu dices artificialmente) sino forzar un 404 en apache desde php.