Estás validando la fecha con la función time(), y ésta te devuelve la fecha en segundos. Para evitar esto, te recomendaría que lo hagas con otra función, como date().
Código PHP:
// Sobreentiendo que $lastConnect contiene el tiempo de Unix.
$puntosMas = $puntos;
if(date("Y-m-d", $lastConnect) > date("Y-m-d"))
$puntosMas += 100;