Muchas gracias a los dos!
Tenías razón Tecna, cambiando position:absolute por position:fixed simplemente, se ha arreglado.
El problema que me surge ahora es el de muchos... IE6.
En esta versión del navegador solamente me muestra la capa al final de la página con una altura de unos 10-20px.
Como puedo solucionarlo aquí?
Cita: A lo mejor combinando con la propiedad position: fixed o con overflow: hidden para que oculte el scroll temporalmente conseguirías algo pero tampoco me parece buena solución... También hay muchos navegadores que bloquean los popup y entonces la pagina se te quedaria bloqueada.
Perdón, se me olvidó aclarar que el popup que abro es en javascript, interno de la página. Y como tengo eventos mouseover y demás, gana más importancia tener el background bloqueante.
Saludos.