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Iniciado por 3pies 
Con una redirección 301 te bastará, aunque si no la haces de esa forma, no te pasará nada. Yo durante mucho tiempo, no he utilizado una redirección 301, sino un redirect normal y corriente.
En asp, miras la variable de servidor Request.ServerVariables("SERVER_NAME"), y si contiene el nombre del dominio nuevo, rediriges a la carpeta en cuestión.
La web de mi firma, es un ejemplo de hosting que no es multidominio, y no he tenido ningún problema a nivel SEO.
Saludos.
Gracias pero creo que me he explicado fatal, porque tu respuesta no tiene nada que ver con mi pregunta.