Google siempre quiere las cosas lo más fáciles y sencillas posibles, así que cuantos menos niveles haya, mejor que mejor, pero si las páginas están accesibles, al final da igual.
Ejemplo de sitios que posicionan bien, son los blogs de blogger donde se utilizan varias carpetas, para el año, y el mes de publicación del artículo. También posicionan bien los periódicos online. Los hay que tienen 7, 8, o más carpetas, y al final, la página html:
ejemplo de noticia de periódico online