Bueno, aquí vengo a llevarle la contra a todo el mundo jajaja.
Eso de que solo indexa hasta tres niveles es un mito bastante viejo. Si Google considera que una página dentro de mil subdirectorios vale la pena ser indexada (por los links internos y externos hacia ella, sus contenidos, etc), entonces no hay dudas que lo hará.
En cuanto al peso en el posicionamiento de los subdirectorios, es algo bastante relativo. Tener la url de ese tipo puede ayudar al agregar palabras clave en la url de un modo natural, (por ejemplo, /$marca/$artículo/$modelo) o perjudicarte si pasas el límite y lo usas solo para spammear. Por otra parte, la relación en la estructura no es de importancia, sino de herencia. El subdirectorio indica un grupo dentro del grupo anterior. Por lo tanto, para busquedas específicas es natural que sea más relevante algo que está dentro de varios subdirectorios que en el primer o segundo nivel.
En cuanto a los usuarios,
KISS. A nadie le gusta ver una url más larga que la barra de dirección, pues da inseguridad. También ten en cuenta que las urls deben ser "adivinables", si borro uno o dos de los ultimos niveles de la url debería encontrarme siempre con el contenido correspondiente, y nunca un 404 o un forbidden.
Resumiendo, la clave de los subdirectorios está en usarlos de un modo lógico, que indique herencia / pertenencia a un subgrupo, y que permita adivinar urls.