no esta claro para nada lo que decis.
Primero en un mismo directorio no vas a poder tener 3 archivos con el mismo nombre y la misma extension. Si es un prefijo o un sufijo es otra cosa. En el caso de que puedas identificarlo por un sufijo ahi podrias cargarlo como ArchivoPrimeraSubida y ArchivoSegundaSubida por ejemplo.
para el manejo de archivos esta bastante piola usar common io.
http://commons.apache.org/io/description.html
El tema de que se si son modificados a la mitad del proceso de subida lo podes controlar con permisos de usuario propios del SO ya que un control de versiones o lockeo de los archivos tiene un costo elevado y para eso existen bases documentales que lo hacen mejor que cualquier cosa que puedas desarrollar.