Monky, Google ha empezado a tratar el dominio con www y sin ellas como dos dominios distintos, por esa razón tienes que verificar doblemente el sitio. Pero eso no debes hacerlo porque tendrías la web duplicada.
Entonces lo que propone Daniel es que decidas si quieres usar el dominio con o sin www. Si quieres usarlo con las www como Google ya tiene indexado la otra opción, lo que debes hacer es verificar el dominio con las www en las herramientas para webmasters y redireccionar con .htaccess desde sin a con para fundirlos... ¿se entendió ahora?