Hola
Gracias por contestar es justo lo que necesitaba. Pego el código por si alguien lo necesita.
Código PHP:
<script type="text/javascript">
var confirma = 1
window.onbeforeunload = function(e) {
if (confirma)
{
return "Esta a punto de reiniciar la aplicacion. ¿Esta seguro?";
}
</script>
<img src="iconos/exit.png" onclick="confirma=0; location.href='logout.php';" width="22" height="22" alt="" />
El if sirve para saber si se recarga la pagina por accidente o si se quiere salir de la aplicación por el boton de exit (en este caso una imagen), si es así al evento onClick de la imagen de le agrega confirma = 0; para que cambie la variable antes de cambiar de página y así evitar el cartel.
Muchas Gracias