Estas estas incrementado $id antes de usarlo. Y capaz que te revisa pero por esto no te coincien las respuestas.
Código PHP:
$id=1;
while ($row3 = mysql_fetch_array($result3))
{
echo '<TR height="150"><TD><P>' . $row3['Numero'] . '.-' . $row3['Pregunta'] . '</P></TD>';
echo '<td><P><INPUT type="radio" name="op'.$id.'" value="1"> 1. ' . $row3['Opcion1'] . '</P><P><INPUT type="radio" name="op'.$id.'" value="2"> 2. ' . $row3['Opcion2'] . '</P><P><INPUT type="radio" name="op'.$id.'" value="3"> 3. ' . $row3['Opcion3'] . '</P><P><INPUT type="radio" name="op'.$id.'" value="4"> 4. ' . $row3['Opcion4'] . '</P></td></tr>';
$id++;
}
Osea que en vez de que $i empiece en 1 empieza en 2
Otra cosa es que me parece que si vien estas recorriendo el nro de preguntas me parece que te falta recorre en nro de opciones de repuesta que tiene cada una.
Espero que te sirva.