Mmmm... ¿El servidor es privado tuyo, es contratado...? ¿Puedes tener acceso al php.ini o al httpd? Primero, comprueba tu también si no tienes ningún .htaccess en el servidor (mira en todas las carpetas del root, y en lo más abajo que puedas). Yo, la única posibilidad que veo, si no es nada de eso es, que o de alguna forma te lo están metiendo por algún archivo que metas por include u algo así (revisa todos los que puedas, incluidos los js) o que, te hayan introducido ese código al php.ini (no se como), y han hecho que, mediante una función que tiene, que cargue en todas las páginas un determinado código. Ahí estaria la razón de que no lo encontrases e n ningun fuente.
Mira a ver!
Saludos
