Hola, lo primero es hecharle un vistazo a esto....
www.forosdelweb.com/1047204-post10.html
Lo otro es sencillo, se me ocurre por ejemplo que cada linea que leas uses la funcion
Código PHP:
String.split(cadena,",");
Con vas a obtener un arreglo con los elementos de esa linea. con un For puedes recorrer cada elemento y convertir esos datos en Enteros para poder calcular la media que necesitas.
Ya lo de mas sera crear el archivo nuevo con los nuevos datos.
Realmente no lo veo dificil, alli en ese mismo enlaces puedes conseguir las otras funciones para guardar los datos en el archivo nuevo...
Saludos