Cita: aunque el ancho de cada linea no es mucho si estoy realizando dicha sentencia unas 10 veces por linea mas o menos para recortar la informacion que me interesa
Si el ancho no es mucho, no entiendo por que 10 veces la recortas para obtener lo que ocupas.
Quizá lo que hay que mejorar es ese algorítmo, aunque no lo pones. Otra cosa es que dudo mucho que cada vez tengas que leer las 90 mil lineas, supongo que solo te interesan en realidad las más actuales, si es así, entonces más bien habría que hacer algo para filtrar las lineas que no se tengan que procesar. Una vez más se necesita saber el algoritmo de tu proceso.
Saludos