Hola salvador86,
En realidad esto debe estar en otro foro de soporte o administración de MySQL. Bueno, yo tuve un problema similar al no poder exportar la estructura de mi base de datos SQL, cuando perdí un HDD con información valiosa de mi computadora. (Aún recuerdo la despotricadera que hacía por la rabia)
Lo que hice -aunque fue riesgoso y no era tan seguro- fue copiar los archivos *.frm que usa el MySQL para almacenar la estructura y la data, así como un archivo *.opt a una nueva carpeta teniendo como nombre de carpeta la base de datos. Luego instalé/copié a una instalación nueva de MySQL (Yo usé XAMPP), lo pude levantar pero algunas tablas recuperaron la data, otras sólamente la estructura, eso se debió a que mi cotejamiento era distinto al del anterior MySQL. (UTF-8 vs ISO) Para ello tuve que instalar la misma versión de MySQL y tratar de exportarlo esta vez por PHPMyAdmin.
Puedes hacer una prueba (claro está si tienes esos archivos), ten siempre una copia de respaldo por si algo salga mal.
Saludos...
