el propio error de iexplorer te lo indica, estas tratando de modificar un elemento antes de que este sea cerrado. ¿en que linea exacta está el problema? pues no estoy muy seguro. intente hacer la prueba en local pero me saltan otros errores. en todo caso, creo que esta la siguiente porcion.
Código:
<script type="text/javascript">
var so = new SWFObject("swf/top_fla.swf", "P.I.E.E.", "700", "250", "8", "#2f1b78");
so.write("contenido");
</script>
ese codigo agrega el flash en el elemento hermano de <script>. o sea, el DIV antes de la etiqueta SCRIPT. pero iexplorer entiende que aun no ha cerrado dicha etiqueta. solucion: mueve el script fuera del DIV, pero luego del DIV donde se agrega el flash. no puede ser antes porque tiene que "existir" antes de que el codigo pueda agregar el flash. la otra solucion es utilizar el evento onload para que agregue el flash cuando el navegador haya terminado de cargar el documento.