quiero evitar rescribir carpetas validas en modrewrite

[luis010182]

Sin no son mucho directorio podrias ponerlos arriba con un condicional y si es igual a la ruta de tu directorio que deja de ejecutar.
Seria algo como esto
#si es distinto a tu directorio hace la RewriteRule a continuacion
RewriteCond %{SCRIPT_NAME} !/ruta/de/tu/directorio/*
RewriteRule ^([_A-Za-z0-9-]+)/$ /?cat=$1 [L]

#Si es mas de un directorio seria asi
# si es diferente a la ruta del directorio1 y a la ruta del directorio2
# entoces ejecuta lo siguiente
RewriteCond %{SCRIPT_NAME} !/ruta/de/tu/directorio1/*
RewriteCond %{SCRIPT_NAME} !/ruta/de/tu/directorio2/*
RewriteRule ^([_A-Za-z0-9-]+)/$ /?cat=$1 [L]

Sin son muchos mas tendrias que buscar alguna expresion regular que te filtro los directorios en cuestion