todo lo puedes poner en la pagina .html
pero para mayor organizacion slos programadores separan los css (estilo) de lo html.
si lo quieres separar solo tienes que poner:   
Código CSS:
Ver original- a:hover{ 
- color:red; 
- } 
- .links a:hover{ 
- background:red; 
- } 
en el archivo style.css y luego incluirlo en el html. 
sobre la explicacion del codigo tienes razon en lo que dices.
si solo quires definir colores solo a los de la clase links puedes omitir la otra parte. 
en el # van la pagina ke quieres abrir al ser pulsado el link. 
Si tienes alguna otra duda, posteala. 
Saludos.