indexaciones??
para nada!!
ningún spider se enterará de los includes, te recuerdo que PHP pre-procesa en el servidor... de modo que al llegar al navegador/spider es simple y llano HTML...
en cuanto al número de archivos que necesitas eso depende de cuanto hayas entendido del uso de un
include, usa tu sentido común y reflexiona que es mas fácil... (: