Esa es programación "modular" yo utilizo exactamente el codigo así y si me indexa mi pagina los buscadores:
Código PHP:
<?
include('includes/xhtml.php');
</head>
<body>
include('footer.php');
?>
en el archivo xhtml.php
va:
Código HTML:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" dir="ltr" lang="es">
<head>
<title>Mi pagina.com</title>
y en el footer.php
Código HTML:
<div id="footer">Todos los Derechos Reservados</div>
</body>
</html>
nota que dejo abierto el header para agregar links o javascripts y el body lo cierro con el footer.
es una idea basica espero la comprendas.
Saludos